Under det sena 1200-talet infördes lagar som begränsade judars frihet i England. Judar fick inte äga land, och efter deras död gick deras pengar till kungen. Lagarna ledde till att engelska judar blev fattiga, vilket i sin tur gjorde att kungen inte längre kunde driva in skatter. Många judar arresterades, sattes i fängelse och avrättades. 1290 fördrevs alla judar från England och först nästan 300 år senare, 1656, tilläts de återvända.

I Frankrike plundrades judar på pengar, och fast egendom som hus, fält, vinstockar, lador och vinpressar, konfiskerades. Detta hjälpte kungen att fylla på den kungliga kassakistan. Synagogor omvandlades till kyrkor och 1182 utfärdade den franska kungen en utvisningsorder. De judar som hade återvänt eller inflyttat till Frankrike fördrevs ytterligare en gång 1396.

Judarna i Tyskland drevs runt och hindrades från att bli bofasta.

Den största utvisningen av judar från Europa var den från Spanien 1492 och Portugal 1496, då judar beordrades att konvertera till katolicismen eller lämna landet. Regentparet Isabella och Ferdinand fick tillstånd av påven att grunda en egen inkvisition och beordrade samtliga judar att lämna Spanien före den 31 juli 1492. De som vägrade resa skulle avrättas. Omkring 200 000 judar flydde från det som varit deras hemland i över tusen år, medan många andra stannade kvar och konverterade till katolicismen.

Men att ha konverterat till katolicismen ledde inte till trygghet, istället misstänktes de judar som hade konverterat för att i hemlighet ha kvar sin gamla tro och utöva judiska traditioner, de beskylldes för att vara så kallade krypto-judar. Inkvisitionen förhörde, fängslade och torterade tusentals judar som konverterat till katolicismen och skapade ett omfattande och lönsamt angivarsystem, där domstolen informerades om möjliga misstänkta beteenden från de som konverterat.

Genom olika tortyrmetoder erkände många vad som helst, också att de utövade den judiska tron i hemlighet. Eftersom kyrkan enligt traditionen inte fick orsaka blodsutgjutelse brändes de dödsdömda ofta levande på bål. I Johannesevangeliet hade inkvistionen hittat ett citat av Jesus, som användes för att försvara ”kättarbålen”.

Den spanska inkvisitionen ville också utplåna de grupper man menade förespråkade fel typ av kristendom och den muslimska kulturen, och snart ställdes även muslimerna, trots tidigare löften om motsatsen, inför valet att låta sig döpas eller lämna Spanien.

Inkvisitionen visade sig vara ett effektivt politiskt vapen för det spanska regentparet som med den religiösa domstolens stöd krossade alla möjliga tänkbara fiender. Inkvisitionen fyllde även en ekonomisk funktion; de dömdas tillgångar användes till att fylla på i statskassan. Många av de som konverterat till kristendomen var rika och kungaparet konfiskerade deras pengar. Angivarsystemet kunde också användas för att göra sig av med dem, som genom konverteringen getts möjlighet att konkurrera om jobb och status.

I ett brev till de spanska monarkerna Isabella och Ferdinand år 1482 protesterade till slut påven mot inkvisitionens våldsamma metoder. Påven pekade på de tunna bevisen, inkvisitorernas girighet och de utbredda tortyrmetoderna.

Under 330 år pågick den spanska inkvisitionen. Tiotusentals ”kättare”, judar och nykristna brändes på bål och ännu fler torterades. När skräckväldet tog slut hade inkvisitionen hunnit bränna över 30 000 personer på bål. Inkvisitionen var så effektiv att den blev oumbärlig för de spanska kungarna som utnyttjade den till att krossa all opposition.