Under 1000-talet blev antijudiska myter och föreställningar allt vanligare bland kristna i Europa. Eftersom judar var förbjudna att ägna sig åt många yrken och då penningutlåning mot ränta var ett förbjudet yrke enligt den kristna kyrkan, blev utlåning ett av de få yrken judar kunde ägna sig åt. Många korsfarare och andra lånade pengar av judar, vilket i sin tur ledde till antijudiska stämningar. Samtidigt blev det allt vanligare att judar tvingades välja mellan kristen omvändelse eller döden.

Under korstågen begicks massakrer på judar av såväl franska som tyska trupper, ledda av härförare, men till stor del bestående av vanligt folk och bönder. Synagogor brändes och judar som inte övergav sin tro dödades, och på flera platser hjälpte även stadsbefolkningen till att förfölja och mörda judar. Man passade också på att bedriva utpressning och krävde att judar skulle betala för att slippa att bli dödade.

Under det första korståget 1096 var syftet att ta sig till Konstantinopel för att sedan befria Jerusalem från muslimerna. Men istället för att ge sig av mot Konstantinopel dödade greve Emicho av Leiningen och hans anhängare hundratals judar på olika platser i Tyskland.

Under ett kyrkomöte i Rom 1215 beslutades att judarna skulle bära ett runt gult märke av tyg på kläderna. Det gula märket syftade på de guldmynt som Judas enligt Nya testamentet hade fått för att förråda Jesus.

”Judarna” beskylldes för ritualmord och det påstods bland annat att judar använde blod från kristna barn när de bakade sitt påskbröd.

1290 fördrevs judarna från England och under 1300-talets tvingades den judiska befolkningen ut ur Frankrike, Ungern och delar av Tyskland. De flesta tyska judar som inte hann fly österut i samband med digerdöden blev dödade.

Digerdöden härjade i Europa 1347–1350 och i genomsnitt var tredje som smittades dog. Rykten spreds om att ”judarna” förgiftade de kristnas brunnar vilket ledde till våldsamma förföljelser och massakrer på judar.